W 1997 roku został przeniesiony do tajnego zarządu ds. rozpracowania organizacji przestępczych. To tutaj pełniąc funkcję zastępcy naczelnika, otrzymał nakaz zamordowania Borisa Bieriezowskiego. Uznając rozkaz za sprzeczny z prawem, postanowił przeciwstawić się władzy i upublicznić tę informację. Od tego czasu stał się obiektem represji politycznych, co spowodowało, że musiał szukać azylu politycznego. Otrzymał go w Wielkiej Brytanii, gdzie spędził 6 lata. W tym czasie zdążył napisać książkę, w której ujawnia tajemnice Kremla, sugerując, że był on zamieszany w zamachy z 1999 roku. Aleksandr Litwinienko nie doczekał spokojnej śmierci. Został otruty Polonem, zaś podczas ostatnich chwil życia sugerował, że czynu dopuścili się tego wysłannicy Putina.
Europejski Trybunał Praw Człowieka: To Rosja jest winna śmierci Litwinienki
Po śmierci Litwinienki, wdowa po nim postanowiła walczyć o sprawiedliwość. Składając pozew w sprawie śmierci męża, oznajmiła w mediach- „Od śmierci męża minęło już prawie 14 lat. Musieliśmy walczyć o publiczne dochodzenie. Skierowanie tej sprawy do sądu zajęło dużo czasu. To była zbrodnia zarządzona przez państwo. Teraz mówimy nie tylko o otruciu męża, ale także Siergieja i Julii Skripalów, a także lidera rosyjskiej opozycji Aleksieja Nawalnego. To była broń chemiczna, zakazana broń”.
Europejski Trybunał Praw Człowieka właśnie orzekła, że to Rosyjska władza stoi za zabójstwem byłego oficera FSB. Maria Litwinienko domaga się od Rosji odszkodowania wysokości 3,5 miliona. Sprawa nadal jest w toku. Wiadomo jednak, że ETPC, że zabójstwa dokonali Ługowoj i Kowtun. Trucizna miała zostać dodana Litwinience do herbaty w jednym z londyńskich hoteli na początku listopada 2006 r. Zdaniem Trybunału istnieją przesłanki, aby twierdzić, że rozkaz otrucia miał zostać wydany przez Nikołaja Patruszewa (ówczesny szef FSB) i prezydenta Władimira Putina.
